Başkanlık
Başkanlık; Sayıştay Başkanı, başkan yardımcıları ve bölüm başkanlarından oluşur.
Sayıştay Başkanı, kanunlarla verilen görevlerin iyi yapılması ve yönetimin düzenli bir surette yürütülmesi için gerekli tedbirleri alır. Genel Kurulun da başkanı olan Sayıştay Başkanı, gerekli gördükçe Temyiz Kurulu ve Daireler Kuruluna da başkanlık eder; bu kurullara verilecek işleri düzenler ve görüşmeleri yönetir.
Sayıştayın faaliyetleri ile ilgili olarak yılda en az iki defa Türkiye Büyük Millet Meclisi Plan ve Bütçe Komisyonunu ve gerektiğinde diğer ilgili komisyonları bilgilendirir. Sayıştay raporlarının Türkiye Büyük Millet Meclisinde görüşülmesi sırasında Sayıştay Başkanı veya görevlendireceği başkan yardımcısı hazır bulunur.
Sayıştay Başkanı; daire başkanları ve üyelerin dairelerini belirler, ihtisas dairelerini tespit eder, işleri dairelere dağıtır, denetim ve denetim destek grup başkanlıklarını oluşturur, meslek mensuplarının görev yerlerini; yönetim mensuplarının görevlerini ve görev yerlerini tayin ve tespit eder.
Sayıştay Başkanı, üyeler arasından iki başkan yardımcısı görevlendirir. Bunlardan biri denetim diğeri ise yönetim görevlerini yürütür.
Denetimden sorumlu Başkan Yardımcısı, denetim programının hazırlanması, denetim faaliyetlerinin yürütülmesi, raporlanması ve gözden geçirilmesine ilişkin koordinasyon işlerinden sorumludur. Bu görevlerin yerine getirilmesinde yardımcı olmak üzere beş bölüm başkanı görevlendirilir.
Yönetimden sorumlu Başkan Yardımcısı ise Başkan adına Sayıştayın yönetim işlerini yürütür. Yönetimden sorumlu başkan yardımcısına verilmiş görevlerin yerine getirilmesine yardımcı olmak üzere üç bölüm başkanı görevlendirilir.