Hangi kamu idarelerinin denetleneceği hazırlanan yıllık denetim programı ile belirlenmektedir. Yıllık denetim programında; denetlenecek kamu idareleri, denetim konuları, uygulanacak denetim türleri, devam etmekte olan ve o yıl sonuçlanması planlanan denetim faaliyetleri gösterilir.

Yıllık denetim programı; Türkiye Büyük Millet Meclisinin, kamuoyunun ve denetlenen kamu idarelerinin beklentileri ve denetim grup başkanlıklarının, raporlara görüş veren dairelerin görüş ve önerileri de dikkate alınarak ilgili Denetim Destek Grubu tarafından yapılan risk analizleri doğrultusunda Denetim, Planlama ve Koordinasyon Kurulu tarafından hazırlanır.

Denetim süreci aşağıdaki aşamalardan oluşmaktadır:

• Denetimin planlanması,
• Denetim programının hazırlanması ve uygulanması,
• Raporların, Türkiye Büyük Millet Meclisine sunulması ve/veya ilgili kamu idaresine gönderilmesi,
• Raporların izlenmesi.

Denetimin yürütülmesinde öncelikle kurumun faaliyet ortamı, bilişim sistemi, iç kontrol sistemi ve muhasebe sistemi tanınır.

Hangi hata ya da yanlışlıkların mali rapor ve tabloların doğruluğunu ve güvenilirliğini etkileyip etkilemediğini belirlemek üzere önemlilik kriteri belirlenir.

Benzer özellikler taşıyan, benzer tarzda işlem gören, benzer yapısal riskleri içeren ve benzer tür kontrollere tabi olan hesap ve işlemler hesap alanı olarak belirlenir.

Yapısal risklerin ve kontrol risklerinin değerlendirilmesi ve gerektiğinde istatistiki örnekleme yöntemi ile incelenecek belgelerin tespit edilmesi yoluyla denetim kanıtları toplanır.

INTOSAI tarafından kabul edilmiş olan Uluslararası Denetim Standartları, yürütülen denetim çalışmasına ilişkin olarak denetim sırasında ve denetim sonrasında kalite kontrol sistematiğinin uygulanmasını gerektirmektedir.

Denetimler; denetimlerin yürütülmesi sırasında ekip başkanı ve grup başkanı tarafından, taslak raporlar da üç uzman denetçiden oluşan rapor değerlendirme komisyonları tarafından, söz konusu standartlar ve ilgili kanunlar ile bunlara dayanılarak çıkarılan diğer mevzuat çerçevesinde değerlendirilir.

Kamu idarelerinin cevaplarını da içeren denetim raporları; Uluslararası Denetim Standartları çerçevesinde denetim sonrasında gerçekleştirilmesi gereken kalite kontrolüne ilişkin hükümler ile ilgili diğer mevzuat çerçevesinde öncelikle ilgili kamu idaresinin işlemleri konusunda görevli Yargılama Dairesinde ve daha sonra Rapor Değerlendirme Kurulunda görüşülür.

Rapor Değerlendirme Kurulu, denetimden sorumlu başkan yardımcısı, iki daire başkanı ve her daireden birer üye olmak üzere on bir kişiden oluşur.

Denetim ekibince ilgili yargılama dairesinin ve Rapor Değerlendirme Kurulunun görüşü dikkate alınarak rapora son hali verildikten sonra denetim raporu Sayıştay Raporu haline gelmektedir.